Biologi molekuler untuk
pengembangan budidaya udang saat ini sangat diperlukan. Pengetahuan biologi ini
merujuk pada pengkajian mengenai kehidupan hingga skala molekuler dan
interaksinya dalam sistem sel, termasuk DNA (Deoxyribonucleic acid), RNA (Ribonucleic
acid) dan sintesis protein serta pengaturannya. Perkembangan biologi
molekuler sangat erat hubungannya dengan genetika, mengingat peran DNA sebagai
materi genetik, yang berarti bahwa DNA menyimpan cetak biru (blue print) bagi semua aktifitas sel dan
karakternya. DNA merupakan jenis asam nucleat yang tergolong biomolekul utama
penyusun jaringan organisme dan umumnya terletak di dalam inti sel.
Teknik yang paling umum digunakan
untuk riset biologi molekuler dan genetika molekuler adalah Polymerase Chain
Reaction (PCR). Prinsip kerja PCR adalah mereplikasi atau menggandakan potongan
DNA tertentu dari seluruh untaian DNA dengan bantuan enzim. Penggandaan DNA
dapat berasal dari DNA inti sel (nukleus) maupun organela sel seperti DNA
mitochondria (mt DNA) dan DNA Ribosoma (rDNA). Dalam penggandaan diperlukan dua
primer (foward dan reverse) yang
berfungsi untuk menandai ujung DNA yang akan digandakan, mengingat DNA terdiri
dari dua untai pilinan ganda. Dengan demikian dalam replikasi DNA dapat
dihasilkan berjuta-juta sintesis rantai DNA baru dengan informasi genetik yang
sama.